Setelah pensiun, Motta belum meninggalkan Paris. Ia ditunjuk sebagai pelatih PSG U-19. Setahun mematangkan ilmu kepelatihannya di sana, dia kemudian pindah ke Genoa dan menyelamatkan klub tersebut dari jurang degradasi dengan finis di peringkat ke-17. Semusim berselang, pria yang juga memegang paspor Italia itu ditunjuk sebagai pelatih Spezia Calcio yang baru promosi. Dia menunjukkan kapasitasnya dengan membawa klub tersebut bertahan di kasta teratas sepak bola Italia usai finis di peringkat ke-15.
Puncak karier kepelatihan Motta dicapat saat menukangi Bologna selama dua musim terakhir. Pria yang dikenal dengan gaya bermain menyerang menggunakan formasi dasar 4-3-2-1 itu sukses membawa I Rossoblu lolos ke Liga Champions untuk pertama kali setelah pada musim ini menempati peringkat kelima klasemen Liga Italia. Kini beban berat sudah menantinya di Juventus. Kehadiran Motta diharapkan mampu membuat Juventus kembali menjadi salah satu tim Italia yang disegani di Eropa. (jpnn)